El Modelo Educativo es la unidad e identidad del sistema institucional. Es una guía básica para quienes diseñan los programas de estudios, así como para directivos, docentes y alumnos. Con el Modelo Educativo se define el perfil del estudiante y su dimensión en los órdenes biológicos, cognitivos, psicológicos y sociales que habrá de alcanzar, con la finalidad de que desarrolle habilidades, valores, hábitos, actitudes y aptitudes que le permitan integrarse al campo laboral e incorporarse armónicamente a la sociedad.

La Escuela de Medicina Tominaga Nakamoto analizó los factores relacionados con la implementación de un Modelo Educativo adaptado a los programas académicos vigentes, teniendo como punto fundamental el aspecto ético y el espíritu social, indispensables en la formación médica. El resultado de la ardua investigación dio como resultado un Modelo Educativo basado en la formación profesional universitaria capaz de preparar a un trabajador competente, altamente calificado. Una de las líneas estratégicas para lograrlo es la participación activa del estudiante en el proceso de formación.

La colaboración de los estudiantes en el proceso de aprendizaje fomenta habilidades y capacidades que permiten una correcta solución de problemas dentro de su rama profesional. Analizar críticamente la realidad productiva o de servicios, transformarla, identificar conceptos técnicos, descubrir el conocimiento profesional de una manera amena, interesante y motivadora, son los resultados del Modelo Educativo de la Universidad Tominaga Nakamoto.